El otro día tropecé con esta esta herramienta, que ayuda a la limpieza de tu registro GConf, llamada "GConf Cleaner". Mientras que el tamaño del registro de GNOME no es ni parecido al tamaño del registro de Windows, y no debe retardar tu computadora, sigue siendo agradable tener una herramienta que limpie entradas inusitadas y obsoletas.

howto aqui.